СИБР в тонком кишечнике и псориатическая болезнь. Модель патогенеза и практика лечения.

[Mikhail Inq]

Доброго всем дня!

Подскажите, пжта, где в СПБ можно сделать тест на СИБР с посевом аспирата?

К сожалению такого места я не знаю. Однако почему бы Вам не попробовать лаважный СИБР-тест?(ссылка удалена модератором, рекламировать лаборатории не обязательно)

Подробно как должна идти подготовка пациента и когда и как сдавать расписано в файле. (ссылка удалена модератором, рекламировать лаборатории не обязательно)

Да, этот тест тоже пока выполняется только в Москве.

Но дело в том, что это неинвазивная процедура, а промывные воды можно получить в домашних условиях (во время проведения кишечного лаважа или Пракшаланы),

А потом отвезти их и сдать в любую баклабораторию под видом мочи. :)

На посев с проверкой чувствительности к фагам.

........

В НМХЦ им.Пирогова недавно произошел любопытный случай. Пациент привез очень чистые промывные воды.

Регистратор по ошибке счел, что это моча и в результате был бы выполнен стандартный тест на посев мочи, но ошибка регистатора выявилась в лаборатории (....но не сразу.....).

Если промывные воды идеального (или почти идеального), то никаких проблем во время сдачи не будет.

Но лучше всего сделать так:

1. Дать осесть осадку (в закрытом контейнере),

2. Перелить максимально прозрачную надосадочную часть в другой стерильный контейнер (достаточно 50%).

 

Вот стандартные тесты на посев мочи с проверкой чувствительности к фагам:

Инвитро; (ссылка удалена модератором, рекламировать лаборатории не обязательно)

Ситилаб (1+2) - нужно делать оба;

Хеликс. (ссылка удалена модератором, рекламировать лаборатории не обязательно)

Однако таким образом будет определена только патогенная аэробная микрофлора.

На самом деле нужно конечно определять и патогенную анаэробную микрофлору.

Это несколько сложнее.

Нужен еще один специальный контейнер типа Bactec, в который из исходного прозрачного биоматериала стерильным шприцом переносят 5-10 мл и это отдельный тест "посев на анаэробы" в каждой из этих лабораторий.

....

И, конечно, нужно быть готовым, что врачи сообщат, что Ваша "моча" совершенно нестерильна...

Изменено 18 декабря 2016 пользователем help
Михаил, мы договаривались, что сторонние организации обойдутся без рекламы на форуме, пока сами не захотят обратоного.

[help]

А почему П****ц? Мы же все ускус столовый потребляем - тоже кислота не слабая и никто не говорит, что это П****ц. Все дело в концентрации. Или другие кислоты токсичные? Я не слышал про такое.

 

Мы можем потреблять что угодно. Но когда появляется очередной "лекарь", декларирующий такие рецепты "лекарством", его хочется отправить обратно в психушку, откуда по недоразумению он выбрался. Каждый волен есть что он хочет и пить что вздумается, однако лечить - это ответственность и прежде всего за свои действия.

...В НМХЦ им.Пирогова недавно произошел любопытный случай. Пациент привез очень чистые промывные воды.

Регистратор по ошибке счел, что это моча и в результате был бы выполнен стандартный тест на посев мочи, но ошибка регистатора выявилась в лаборатории (....но не сразу.....).

Если промывные воды идеального (или почти идеального), то никаких проблем во время сдачи не будет...

 

Завлаба нужно было за "спутали мочу и не мочу" вздрючить по самое некуда, а "невнимательных лаборантов" уволить в тот же день. 

Зашибись, мы "спутали" пациента, не тем и не от того лечили, он слегка зажмурился, ну... бывает.

Если есть отдельный сервис "посев того, чего дают с последующим определением резистентности" - это одно. А такое "спутывание" называется медицинской халатностью и вообще-то есть уголовное преступление. Так что отдавая фекальную жижу под видом мочи вы подвергаете существенному риску сотрудников лабораторий. И ещё один момент. Протоколы работы с мочой и фекалиями - различны, оборудование тоже. 

Ну, это обычное дело, когда механизм действия неизвестен, но помогает.

 

Фактов о том, что помогает - нет, это теория, не подтверждённая (даже) статистикой, сколь бы стройной она ни казалась.

 

В качестве иллюстрации "когда механизм действия неизвестен, но помогает" могу привести "Пегану", вот это в чистом виде "неизвестно почему, но помогает", и то, далеко не всем.

[Stator]

Интересно! Ну, и в двух словах можно - каков был курс (сколько и как долго) и каков результат (степень очистки кожи и срок ремиссии)?

Там по ссылке все и написано (и ниже там в топике есть и другие отзывы). Полной ремиссии не случилось, но то, что состояние сильно улучшилось, это точно.

[Романтик]

Там по ссылке все и написано (и ниже там в топике есть и другие отзывы). Полной ремиссии не случилось, но то, что состояние сильно улучшилось, это точно.

Уже 4,5 года прошло. Почему не продолжили в том же духе, если были такие результаты хорошие? Я бы провел еще несколько таких же курсов, или устроил бы себе более длительные курсы.

[Stator]

Пробовал продолжить, как-то не срослось.

[Mikhail Inq]

Долгое время не публиковал ничего в этом топике. Был занят проработкой версий предстоящих НИР (научно-исследовательских работ).  Далее последовательно три моих поста за 2017 год, которые я делал на своем сайте, а также в группе Антипсориатической Ассоциации.
----

14 марта 2017 г.  Ситуация следующая.
По требованиям спонсоров и с учетом целесообразности проект НИР разделен на два последовательных проекта НИР1 и НИР2.
НИР1 «Метагеномы фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи» (название уточнено на 25.06.17) - диагностический, длительностью 3 месяца (включая подготовку и подведение итогов).
и
НИР2 «Метагеном крови, метагеномы и микрофлора зева и лаважных вод ЖКТ, а также проницаемость тонкой кишки при псориатической болезни (ПБ). Разработка и апробация Y-методики лечения ПБ, основанной на коррекции микрофлоры зева и/или ЖКТ.» - диагностический и лечебный, длительностью 9 месяцев.

Метагеном – это совокупность всех nhDNA (нехозяйских DNA (=ДНК), т.е. здесь - не принадлежащих человеку), содержащихся в биоматериале. nhDNA – это бактериальная, архейная, грибковая, гельминтная, вирусная, фаговая и т.д. DNA.

НИР2 состоится только в том случае, если НИР1 даст положительный ответ на главный вопрос:
"Тяжесть псориатической болезни коррелирует с концентрацией каких-либо nhDNA в фагоцитах крови?"
В рамках НИР1 предполагается (как минимум) получить доказательства того, что
а) в фагоцитах крови псориатических пациентов есть DNA как патогенных, так и предполагаемых псорагенными бактерий;
б) концентрация этих DNA коррелирует с тяжестью псориатической болезни.

Такие дела... В настоящее время идет детальная проработка и обсуждение НИР1.
Для НИР1 и НИР2 (для каждой из них) готовятся по 4 взаимосвязанных документа: питч, презентация, статья-обоснование и расчет стоимости. По мере их завершения они будут публиковаться.
---------

5.04.2017.  Идет детализация проекта НИР1.
Одной из важных задач этого проекта является комплексная WMS-диагностика фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи.
Из фагоцитов будет извлечена и изучена с помощью двух WMS-тестов вся нехозяйская (бактериальная, вирусная, гельминтная и т.д. ) ДНК.
А затем (помимо отдельного изучения) результаты этих двух WMS-тестов (крови и кожи) будут изучены вместе.
Для этого нужно заранее определить некоторые параметры (например достаточные объемы крови и биоптата кожи) так, чтобы максимально повысить достоверность и значимость результатов такого комплексного изучения.
Кто знает смысл слов "математическое ожидание" и девиация?
Кто разбирается в математической статистике? Отзовитесь!
-----------------------------------

25.06.2017

Детализация проекта НИР1 заняла достаточно много времени и в данный момент практически завершена. До начала выполнения НИР1 необходимо решить следующие организационные задачи:

1) Провести экспертную оценку и возможную доработку НИР1;

2) Выбрать исполнителей для пробоподготовки биоматериалов для WMS-тестов;

3) Выбрать исполнителей для выполнения WMS-тестов и комплексного изучения их результатов;

Есть ли среди Вас или Ваших друзей или знакомых специалисты в области биоинформатики? 
Есть ли способные содействовать решению каких-либо из этих задач?

Скачать архив с директорией, содержащей все актуальные файлы по НИР1 (рекомендуется начать ознакомление с файла Readme.doc).

[Романтик]

Михаил, это интересно, конечно! А не может ли количество чужеродного ДНК в фагоцитах повышаться с повышением проницаемости кожи, вследствие ее поражения псориазом? Чем больше бляшек, тем больше чужеродного ДНК проникает через кожу и оказывается в фагоцитах. Может быть с этим связана корреляция между обширностью поражения кожи псориазом и тяжестью псориатического артрита (когда бляшек становится меньше, то и артрит ослабевает)? Можем ли мы быть уверенны на 100%, что чужеродная ДНК в фагоциты именно из кишечника поступает, но не из пораженной бляшками кожи?

[help]

Барьерная функция кожи выше, да и как чужая ДНК физически попадёт через кожу в фагоциты? И почему? Этиология такого процесса совершенно непонятна. (честно сказать, что и попадание ДНК в фагоциты через кишку видится слегка сомнительным, но не буду "разжигать"). Кроме того, на коже может быть триллиард разных видов ДНК в лице разнообразно присутствующих естественных и приобретенных чужеродных элементов на коже, однако, рассматриваются исключительно "псоросвязанные ДНК"? Если бы это было так, то через кожу попадало бы что угодно, вызывая самые замысловатые синдромы генной природы.

[Mikhail Inq]

11 час назад, Романтик сказал:

А не может ли количество чужеродного ДНК в фагоцитах повышаться с повышением проницаемости кожи, вследствие ее поражения псориазом?

Практически все фагоциты кожи в норме за пределы кожи не выходят - это отдельная самодостаточная популяция (они рождаются и умирают в коже). Исключением являются кожные дендритные клетки, которые по лимфатическим протокам идут в региональные лимфатические узлы.
При псориазе (как и при любом кожном воспалении) происходит привлечение в кожу фагоцитов крови. При средне-тяжелом псориазе до 80% фагоцитов в псориатическом высыпании имеет нерезидентное происхождение (т.е. привлечены из крови). Это привлечение однонаправленное, т.е. фагоциты крови после привлечения в кожу (при псориазе или при любом другом воспалении) обратно в кровь не попадают. 
Так что на Ваш вопрос есть два ответа: 
1) Концентрация нехозяйской ДНК в фагоцитах кожи при псориазе безусловно возрастает, так как и концентрация бактерий в псориатической коже выше нормы и концентрация фагоцитов кожи существенно выше.
2) Концентрация нехозяйской ДНК в фагоцитах крови не зависит от того, что происходит в коже (за исключением случаев такого травмирования кожи, когда кожные бактерии и их бактериальные продукты могут попадать прямо в кровь).
Эти процессы проиллюстрированы на слайдах  Phagocytes-1 и Phagocytes-2.

11 час назад, Романтик сказал:

Можем ли мы быть уверенны на 100%, что чужеродная ДНК в фагоциты именно из кишечника поступает, но не из пораженной бляшками кожи?

Предполагаю, что речь идет о фагоцитах крови.
Ответ: Если нет такого травмирования кожи, при котором имеет место повреждения кровеносных сосудов, то нехозяйская ДНК из кожи в кровь не поступает и тем самым в фагоцитах крови не содержится.
Естественно, что в фагоцитах крови содержится nhDNA (non-human DNA) не только поступившая из кишечника.  Например, постоянным источником nhDNA является население слизистой ВДП.

Обратил внимание, что не расшифровал что такое WMS-тест...
Это whole metagenome sequencing - полное метагеномное секвенирование.
Иногда его называют shotgun - метод дробовика.  Принципиально отличается от 16S-тестов, поскольку дает информацию о полных геномах, а не об их фрагментах. Подробнее здесь.
 

Изменено 27 июня 2017 пользователем Mikhail Inq

[Mikhail Inq]

11 час назад, help сказал:

честно сказать, что и попадание ДНК в фагоциты через кишку видится слегка сомнительным, но не буду "разжигать").

 

Таблица 1. Исследования метагенома крови. Сводка.

Пациенты	Биома-териал	Тест	Определе-ние  концентра-ций, PMID	Кон-троль контами-нации	nhDNA (в частности bacDNA)	Работа (год, страна), примечания
ПП (псориатические пациенты) и ЗП (здоровые персоны)
19 ПП	Плазма	16S	нет	да	bacDNA у 9 из 19 ПП	77, (1999, USA), ПП с псориатическим артритом
15 ПП, 12 ЗП	Моно-циты	16S	нет	да	bacDNA у всех.	51, (2002, Japan).  Относительный уровень у ПП существенно выше, чем у ЗП
20 ПП, 12 ЗП	Плазма	16S	нет	да	bacDNA у всех ПП, ни у одного из ЗП.	47, (2010, UK). Слайд Blood_Psor.
54 ПП, 27 ЗП	Плазма	нст	нет	?	У 16 из 54, ни у одного из ЗП.	60, (2015, Spain), нст- метод нестандартный. Краткая заметка
Непсориатические пациенты и/или ЗП (здоровые персоны)
3280 человек	Лейко-циты	16S	да, 21976140	нет	bacDNA	3, (2011, France), количественный 16S. Качественный 16S был выполнен только для 42 человек.  Общий контингент с [2], в т.ч. с диабетом.
3936 человек	Лейко-циты	16S	да, 23372728	нет	bacDNA	2, (2013, France), оценка концентрации только Eubacteria и Proteobacteria phylum в целом. Общий контингент с [3], в т.ч. с сердечно-сосудистыми заболеваниями.
80 пациентов и 40 ЗП	Плазма	16S и WMS	да, 25133738	да, NTC	bacDNA у всех	14, (2014, India), WMS-тест был выполнен для 3 пациентов и 3 ЗП
50 пациентов, 50 ЗП	Плазма	16S RT-PCR	нет	нет	bacDNA у 14 из 50 пациентов, у 2-х из 50 ЗП	63, (2014, Japan), Пациенты с диабетом 2-го типа. Тесты плазмы крови выполнялись в дополнение к тестам фекалий. Использовался ограниченный набор праймеров.
78 пациентов и 10 ЗП	Плазма	WMS	нет	нет	nhDNA у всех	81, (2016, China), пациенты постоперационные, изучалась вся nhDNA, выполнялся культуральный посев. Слайд Blood_WMS_and_Cultute.
30 ЗП	Цельная кровь и 3 фракции	16S	да, 26865079	да, NTC	bacDNA у всех	54, (2016, France), ЗП – доноры (предположительно сдавали кровь после еды). Повышенную концентрацию bacDNA, обеспечил метод [43]. Слайд Blood-bacDNA.
2 группы пациентов (Испания – 37, Италия – 71)	Фракция BC и цельная кровь	16S	да, 27639192	нет	bacDNA у всех	40, (2016, France), каждая из двух групп пациентов была разделена на две части (без фиброза, с фиброзом). BC - Buffy coat (лейкоцитарная пленка)
30 ЗП, 90 пациентов	Плазма	WMS	да, 27368373	да	nhDNA у всех	32, (2016, Germany), изучалась вся nhDNA, пациенты с сепсисом и постоперационные. Также выполнялся культуральный посев. Слайд Blood-Germany.
9 пациентов	Плазма	WMS	нет	да	nhDNA у всех	34, (2016, Sweden), перед секвенированием была выполнена предварительная элиминация hDNA, изучалась вся nhDNA. Концентрация определялась только для cfDNA.
62 пациента и 23 ЗП	Цельная кровь	16S	нет	да	bacDNA у всех	28, (2017, Poland), пациенты с сепсисом, техника выделения DNA основана на собственном исследовании [29].
Проект НИР1
15 ПП	Фагоциты крови	WMS	да	да	nhDNA у всех	(2017, Russia), забор крови через 3 часа после еды, предварительная элиминация hDNA, вся nhDNA. Аналогичные тесты фагоцитов псориатических биоптатов. Их комплексное изучение.

таблица со страницы 8 файла NIR1_проект_v1.4.doc.  
Нумерация статей в последней колонке дана по библиографии из этого же файла.
Наименования слайдов по файлу NIR1.pdf
PMID - код статьи на ресурсе https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Есть полные тексты всех статей, при необходимости - могу прислать или выложить в общий доступ.
Конечно не во всех случаях источником nhDNA (в частности bacDNA) является тонкокишечная микрофлора, но практически в каждой из перечисленных статей говорится о тонкокишечной микрофлоре, как одном из основных источников поступления nhDNA в кровь.
А в норме, т.е. для здоровых пациентов, тонкокишечная микрофлора - это основной источник.

Изменено 27 июня 2017 пользователем Mikhail Inq

[Романтик]

В 27.06.2017 в 10:49, Mikhail Inq сказал:

Предполагаю, что речь идет о фагоцитах крови.
Ответ: Если нет такого травмирования кожи, при котором имеет место повреждения кровеносных сосудов, то нехозяйская ДНК из кожи в кровь не поступает и тем самым в фагоцитах крови не содержится.
Естественно, что в фагоцитах крови содержится nhDNA (non-human DNA) не только поступившая из кишечника.  Например, постоянным источником nhDNA является население слизистой ВДП.
 

Мне кажется, что плохо исследована барьерная функция кожи, в местах пораженной псориазом. Что если она (кожа бляшек) словно губка всё впитывает и пропускает прямиком в кровь? Я думаю, дерматологи этого возможного феномена не учитывают, например, когда прописывают топические (местные) гормональные препараты, уверяя пациентов, что они практически не всасываются и не оказывают системного действия. На самом же деле, системный эффект от применения гормональных препаратов, наносящихся на бляшки имеется и даже совсем не слабый.

Кроме того, травмирование кожи у псориатиков это обычное дело, ведь не секрет, что бляшки регулярно расчесываются до крови. К тому же, это ведь один из диагостических признаков псориаза, что при снятии орговевшей чешуйки появляется капелька крови.

А если взять больных с ладонно-подошвенной формой, то у них кожа постоянно лопается на складках, при этом кровоточит.

Теперь представим — бляшка в которой прекрасно размножаются микробы и которых там много расчесывается до крови, или лопается (трескается) на складке — неужели они не попадают в кровь?

Поэтому, мне кажется, что чем тяжелее псориаз, тем больше будет поступать не хозяйской ДНК в кровь и фагоциты крови через кожу.

Отсюда можно сделать предсказание, что результаты вашего исследования будут такими — чем тяжелее псориаз на коже, тем больше и разнообразнее ДНК в фагоцитах крови. А моя интуиция подсказывает, что тяжесть псориаза будет сильнее коррелировать с общим количеством не хозяйской ДНК в фагоцитах, чем с количеством ДНК «псорагенных» бактерий. Интересно дождаться результатов!

[help]

 

On 6/27/2017 at 11:47 AM, Mikhail Inq said:

Таблица 1. Исследования метагенома крови.

 

Да хрень какая-то, если честно. Берём первую часть таблицы.

1. 19 пп, bacDNA у 47 %, зп не исследовались (а с чем сравнивать группу, если нет контрольной? результат ниочём, вообще про ПА)

2. 15 пп, 12 зп. bacDNA у 100% всех пп и у 100% зп (говорит о том, что зависимости ваще никакой)

3. 20 пп, 12 зп. bacDNA у 100% пп и у 0% зп (тупо противоречит исследованию номер 2)

4. 54 пп, 27 зп. bacDNA у 30% пп и у 0% зп (противоречит и 2 и 3)

Чудо а не статистика. Это называется статистический мусор, никаких (абсолютно никаких!) достоверных выводов из этой цифири сделать нельзя.

И потом, лукаво указано nhDNA (в частности bacDNA).

Остальное в таблице – такое же «никакое».

[Mikhail Inq]

В 01.07.2017 в 17:30, help сказал:

1. 19 пп, bacDNA у 47 %, зп не исследовались (а с чем сравнивать группу, если нет контрольной? результат ниочём, вообще про ПА)

2. 15 пп, 12 зп. bacDNA у 100% всех пп и у 100% зп (говорит о том, что зависимости ваще никакой)

3. 20 пп, 12 зп. bacDNA у 100% пп и у 0% зп (тупо противоречит исследованию номер 2)

4. 54 пп, 27 зп. bacDNA у 30% пп и у 0% зп (противоречит и 2 и 3)

Чудо а не статистика. Это называется статистический мусор, никаких (абсолютно никаких!) достоверных выводов из этой цифири сделать нельзя.

И потом, лукаво указано nhDNA (в частности bacDNA).

Согласен с тем, что завершенных полноценных исследований в этой области недостаточно.  А ведь в первую часть таблицы включены все (!) исследования метагенома крови, которые были выполнены для ПП. 

Работа 1 была выполнена в 1999 году, тогда такие тесты стоили очень дорого (в 100-1000 раз дороже, чем сегодня) и возможно поэтому контрольной группы не было (тем не менее это допустимый вариант исследования, поскольку могут быть обнаружены корреляции с тяжестью ПБ, а сравнивать можно с результатами контрольных групп ЗП из других работ).

В работе 2 в качестве биоматериала были взяты моноциты крови, они заведомо содержат гораздо больше (на 2-4 порядка) nhDNA, чем можно обнаружить в плазме. Так что не удивительно, что bacDNA обнаружена у всех ЗП и ПП. (извлекать bacDNA из любых клеток крови  сложнее, чем из плазмы и поэтому такие исследования проводятся реже).  Так что результаты работы 2 не противоречат результатам работ 3 и 4 (где изучалась плазма крови).

В работе 4 применен нестандартный метод, поэтому его стат. результаты не стоит сравнивать с 2 и 3.

Если применялся 16S-тест, то можно обнаружить только бактериальную DNA, но если WMS-тест, то помимо бактриальной DNA также обнаруживается DNA грибков, вирусов и архей, т.е. любая нехозяйская DNA.
В чем тут "лукавство"?

В каждой из этих работ помимо % обнаружения bacDNA у ПП и ЗП, интересен спектр метагенома, т.е. каких именно бактерий обнаружены геномы... Каких больше, а каких меньше?  Есть ли корреляции с ПБ, тяжестью ее проявления?  В проекте НИР1 помимо этой справочной таблицы содержится описание (краткое или более подробное) каждой из этих работ...  Но конечно лучше всего читать сами работы, чтобы их оценить и делать какие-либо выводы относительно их качества и значимости.
У меня есть полные тексты любой из них - можно выложить для ознакомления (самые интересные это 2 и 3).
...
Метагеном крови ПП исследован крайне недостаточно, причем с помощью WMS-тестов не исследовался ни разу (!).
Именно поэтому в рамках НИР1 предполагается выполнить для группы из 15 ПП WMS-тесты фагоцитов крови (как вариант - цельной крови).  Если сможем найти большее финансирование, то в НИР1 будет также добавлена контрольная группа из 10 ЗП.

Изменено 6 июля 2017 пользователем Mikhail Inq

[help]

On 7/6/2017 at 4:04 PM, Mikhail Inq said:

Согласен с тем, что завершенных полноценных исследований в этой области недостаточно.

 

Их нет просто, а не недостаточно.

 

On 7/6/2017 at 4:04 PM, Mikhail Inq said:

тем не менее это допустимый вариант исследования, поскольку могут быть обнаружены корреляции с тяжестью ПБ, а сравнивать можно с результатами контрольных групп ЗП из других работ

 

Михаил, вы же научный работник, не хуже меня понимаете, что исследования должны быть проведены теми же авторами, теми же методами, на том же оборудовании и т.д. Иначе это сравнение пациентов одного цикла со здоровыми из другого, да ещё состоявшегося через несколько лет, равно сравнению лошадей с зайцами или тёплого с мягким. На смех же подымут.

 

On 7/6/2017 at 4:04 PM, Mikhail Inq said:

Так что результаты работы 2 не противоречат результатам работ 3 и 4 (где изучалась плазма крови).

 

Ага, их просто некорректно сравнивать (зачем они в таблице рядом тогда?) и они несут примерно ноль информации, как вместе, так и по отдельности.

[RedMen]

Перечитывал несколько раз в июне и вот сейчас - и так и не понял, о чём речь?
Что такое "повышение концентрации нехозяйской ДНК в фагоцитах кожи/крови"?  Почему этого надо опасаться?

Дело даже не в том, что человек в любое мгновение нашпигован чужеродными ДНК без всяких для себя опасных последствий: грязь на руках, скушанные стейк или яблоко, введённое/намазанное лекарство etc - это всё чужеродные ДНК.

И не в том, что т.н. "псорагенные бактерии" - это неизвестно что и выделить их ДНК сложно потому, что существование "псорагенных бактерий" не доказано.
Фагоциты для того и созданы, чтобы жрать чужеродных агентов. В какой фагоцит ни ткни, он либо жрёт, либо ждёт своей очереди, либо путешествует к жратве. Фагоцит не жрёт больше, чем в состоянии переварить: он не может сказать "дайте три", проглотить трёх агентов, переварить только одного и сдохнуть от несварения. Макрофаги могут выделять из себя некоторое количество непереваренных агентов, но делают это не потому, что не в состоянии переварить проглоченное полностью, а чтобы дать сигнал товарищам: эй, ребята, топайте скорее сюда, врагов слишком много, мы не справляемся! При необходимости отражения массированной атаки военкомат... в смысле, организм, создаёт новые отряды фагоцитов. Здоровый организм создаёт фагоцитов в количестве, достаточном для отражения атаки - фагоциты устраивают инородным агентам геноцид, в буквальном смысле истребляя - пожирая - чужие ДНК до единого. Больной/ослабленный организм не может выделить для борьбы  достаточно фагоцитов - инородные агенты, чужие ДНК побеждают за счёт своего количества. Но даже и в этом случае концентрация чужеродного ДНК повышается не в фагоцитах, а, например, в крови, в лимфе - разница существенная.
Поэтому всё это научное исследование, начиная с НИР1 мне видится бессмыслицей: не нужно доказывать наличие чужеродных/патогенных DNA в фагоцитах крови псориатических пациентов - они там будут всегда. Гоняться за предполагаемыми "псорагенными бактериями" также бессмысленно - это неизвестно что.
Искать корреляцию концентрации нехозяйских DNA с тяжестью псориатической болезни также бессмысленно: больной псориазом может занозить палец, создаётся очаг воспаления, количество инородного ДНК  и фагоцитов резко возрастает - а псориаз всё тот же.
Что ищем-то, что доказываем?

 

Что я понимаю не так?

[Mikhail Inq]

On 7/11/2017 at 1:25 PM, RedMen said:

Перечитывал несколько раз в июне и вот сейчас - и так и не понял, о чём речь?
Что такое "повышение концентрации нехозяйской ДНК в фагоцитах кожи/крови"?  Почему этого надо опасаться?

 

Самой нехозяйской ДНК опасаться не нужно. Нехозяйская ДНК - это индикатор присутствия в крови (коже) или других тканях живых бактерий и/или их бактериальных продуктов.   Концентрация ДНК конкретного вида бактерий прямо пропорциональна концентрации бактериальных продуктов этого вида бактерий.  И вот среди этих бактериальных продуктов могут быть очень неподходящие (вызывающие активную реакцию иммунной системы).  Например липополисахарид или пептидогликан (входящие в состав оболочки бактерий).   Пептидогликан у Gram(+) бактерий составляет до 90% их бактериальных продуктов (обезвоженной умершей бактерии).
 

On 7/11/2017 at 1:25 PM, RedMen said:

И не в том, что т.н. "псорагенные бактерии" - это неизвестно что и выделить их ДНК сложно потому, что существование "псорагенных бактерий" не доказано.

Да это не доказано. Именно поэтому виды бактерий, имеющих пептидогликан тождественный Str.pyogenes, в НИР1 называются "предполагаемые псорагенными".
Это конкретный перечень видов (если *.pdf не откроется на нужном слайде, то выберите слайд по имени PG_PsB-2).
Собственно основная часть проекта НИР1 и посвящена тому, чтобы проверить коррелирует ли суммарная концентрация ДНК бактерий этих видов с тяжестью псориаза по PASI.
Кстати  19.10.2017 была Презентация НИР1 "Метагеномы фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи"
(файл pdf - слайды, файл doc - комментарии к слайдам) на форуме (тут был линк)

[Mikhail Inq]

Научное руководство НИР1 осуществляет профессор Николай Гаврилович Короткий.
Реализация НИР1 будет осуществляться с участием ЦФХМ и Института иммунологии.

В 11.07.2017 в 13:25, RedMen сказал:

...концентрация чужеродного ДНК повышается не в фагоцитах, а, например, в крови, в лимфе - разница существенная.
 

Повышение концентрации бактериальных продуктов (и в частности нехозяйской ДНК) происходит в цельной крови в первую очередь за счет повышения их концентрации в фагоцитах (в пересчете на 1 мл цельной крови).
Это происходит а) за счет увеличения числа фагоцитов (в первую очередь нейтрофилов) в 1 мл крови и б) за счет увеличения количества недеградированных бактериальных продуктов внутри фагоцитов крови.
Эти изменения хорошо изучены для целого ряда болезней, а также для сравнения у здоровых пациентов.
Ну и конечно на подопытных животных.

Для псориатических пациентов такое увеличение впервые было показано еще в 2002 году.
В работе (Okubo 2002) по нескольким праймерам для 16S rRNA определялось присутствие bacDNA (бактериальной ДНК)  внутри моноцитов крови у 15 ПП (псориатических пациентов) и 12 ЗП (здоровых персон). Было обнаружено, что у ПП оно существенно выше (в 1,5-2 раза), чем у ЗП (bacDNA была обнаружена у всех ПП и ЗП). Метод не позволял определить принадлежность bacDNA конкретным видам (родам или типам) бактерий. Авторы предположили, что основным источником bacDNA является кишечная микрофлора (слайд Okubo).

Изменено 8 декабря 2017 пользователем Mikhail Inq

[Mikhail Inq]

В 11.07.2017 в 13:25, RedMen сказал:

Искать корреляцию концентрации нехозяйских DNA с тяжестью псориатической болезни также бессмысленно: больной псориазом может занозить палец, создаётся очаг воспаления, количество инородного ДНК  и фагоцитов резко возрастает - а псориаз всё тот же.

Что ищем-то, что доказываем?

На самом деле мы ищем "иголку в стоге сена". 
Причем в этом стоге есть множество посторонних металлических предметов :-).

В норме для здоровых людей количество нехозяйской ДНК (также как и других нехозяйских продуктов) поступающих в единицу времени из тонкого кишечника в кровоток на несколько порядков выше любого поступления из других тканей (в частности из воспаленного от занозы пальца).  
...
При повышенной проницаемости тонкого кишечника, при тонкокишечном СИБР интенсивность такого поступления существенно возрастает. Это безусловно влияет на работу всех фагоцитов крови. Им приходится эндоцитировать и деградировать гораздо больше бактериальных продуктов в единицу времени.
Признаками такой перегрузки является
а) повышенный уровень фагоцитов крови у псориатических пациентов (известный факт)
б) повышенная концентрация бактериальных продуктов в кровотоке (проверено для липополисахаридов) и внутри фагоцитов крови  (для моноцитов проверено в 2002 см выше).
...
Одна из основных целей НИР1 максимально детализировать это: 
а) насколько повышена концентрация бактериальных продуктов в фагоцитах крови
б) от каких именно бактерий она повышена (патогены и/или предполагаемые псорагенными)
в) есть или нет корреляция между концентрацией бактериальных продуктов определенных видов бактерий и тяжестью псориаза по PASI.
Ответы на эти вопросы будут получены после реализации НИР1 в той части, что касается изучения крови (и в частности метагенома фагоцитов крови).
Прочитайте внимательно питч НИР1 - там эти (и другие) основные вопросы сформулированы максимально точно.
 

[help]

Уж не "член-корреспондент РАЕН" ли это г-н Короткий? Не автор ли вдувания в нос тимодепрессина? Уж не тот ли, на которого жалуются пациенты? Где-то он в форуме поминался, кажется.

 

19 minutes ago, Mikhail Inq said:

повышенный уровень фагоцитов крови у псориатических пациентов (известный факт)

 

Известный кому? У меня в норме, и всегда был в норме.

[Mikhail Inq]

1 hour ago, help said:

Уж не "член-корреспондент РАЕН" ли это г-н Короткий? Не автор ли вдувания в нос тимодепрессина? Уж не тот ли, на которого жалуются пациенты? Где-то он в форуме поминался, кажется.

 

Я впервые познакомился с профессором Николаем Гавриловичем Коротким в 2000 году.
Мы вместе с ним готовили перевод книги Джона Пегано "Лечение псориаза - естественный путь" на русский язык.
Позже несколько статей опубликовано нами в соавторстве.
В частности статья 2005 года, опубликованная  в Вестнике дерматологии.
Основываясь на этой публикации планировали и проводили исследование тонкокишечного СИБР при псориазе группа ученых под руководством профессора Потатуркиной-Нестеровой Н.И.

Николай Гаврилович - детский врач, многие годы заведует дерматологическим отделением в РДКБ.
Также он заведует кафедрой и преподает в РНИМУ им. Н.И.Пирогова .
За многие годы, в течение которых он консультирует и лечит пациентов, наверное были случаи, в которых он не смог помочь или дал неудачный совет. Вполне возможно, что кто-то из его пациентов остался недоволен и здесь на форуме об этом высказался.  Лично мне такие случаи неизвестны. 

1 hour ago, help said:

Известный кому? У меня в норме, и всегда был в норме.

Это зависит от тяжести псориаза.
Лейкоциты в среднем повышены до 7%. Нейтрофилы до 25% от нормы.
Чем выше PASI, тем больше превышение.
Эти цифры отсюда https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24147939
Если интересно, то могу прислать полный текст этой статьи.

[help]

У меня есть дорога туда. Тем не менее, там говорится о neutrophil to lymphocyte ratio, и не более, а это ни разу не одно и то же как "повышеные нейтрофилы", это отношение измеренных (посчитанных, точнее) величин.

 

1 hour ago, Mikhail Inq said:

Николай Гаврилович - детский врач, многие годы заведует...

 

Зачем "нормальному" врачу шарлатанские титулы несуществующих академий? Это всегда плохо пахнет. 

 

2 hours ago, Mikhail Inq said:

Прочитайте внимательно питч НИР1

 

пи...чо? (либо я безнадёжно стар , либо что-то неладное творится с русским языком  )

[Mikhail Inq]

36 минут назад, help сказал:

У меня есть дорога туда. Тем не менее, там говорится о neutrophil to lymphocyte ratio, и не более, а это ни разу не одно и то же как "повышеные нейтрофилы", это отношение измеренных (посчитанных, точнее) величин.

 

В этой статье есть и то, о чем я написал.
Выборка достаточная: ... study included 138 patients with psoriasis (60 women; mean age, 40.4 12.3 years) and 120 healthy, age- and gender-matched control subjects (57 women; mean age, 38.4 9.8 years). 
Проценты вычисляются по таблице 1.
                                        ПП        ЗП
WBC (109/L)              8.69       8.06
Neutrophils (109/L) 5.48      4.34     
 

44 минуты назад, help сказал:

Зачем "нормальному" врачу шарлатанские титулы несуществующих академий? Это всегда плохо пахнет. 

 

Это случилось давно и я сомневаюсь, что он сам этого как-то добивался. 
И уж точно это звание ничего не дало. 
Все 17 лет, которые я знаю Николая Гавриловича, у него  ежедневная лечебная и преподавательская нагрузка, руководство научной работой,  участие в конференциях.
Не стоит судить о человеке по его званиям или наградам.

[Mikhail Inq]

1 час назад, help сказал:

пи...чо? (либо я безнадёжно стар , либо что-то неладное творится с русским языком  )

Я полтора года назад впервые узнал что слово "питч" употребляется в смысле
"максимально сжатое и быстрое описание сути какого-либо проекта". 
Пришло это от одного из потенциальных спонсоров-соисполнителей проекта.
Он сильно хотел получить описание проекта именно в таком виде.
пришлось сделать.
(на английском оно встречается довольно часто в таком сочетании
https://en.wikipedia.org/wiki/Elevator_pitch

Пытался найти русскоязычный аналог - не получилось. 
Может быть предложите свой вариант ?
Зато нашел подробные рекомендации по составлению питча в биомедицинских проектах.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acfi.12116/full

И взял эти рекомендации за основу. 
В принципе такая форма изложения должна быть для любого проекта, особенно когда о нем нужно дать информацию
людям, у которых очень мало времени...

4 часа назад, Mikhail Inq сказал:

Кстати  19.10.2017 была Презентация НИР1 "Метагеномы фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи"

(файл pdf - слайды, файл doc - комментарии к слайдам) на форуме (тут был линк)

Случайно заметил, что ссылка на сайт "7-го межрегионального форума косметологов и дерматологов" удалена
(а точнее заменена на слова "тут был линк" :-).
Я что-то нарушил, когда ее указал? Это ведь всего лишь сайт научной конференции...
...
И еще линки поубивали (стараешься даешь линк на конкретную статью, а его кто-то или что-то хлоп и убивает... ) ...  А линк он ведь живой... Неужели не жалко?

Изменено 8 декабря 2017 пользователем Mikhail Inq

[help]

Краткое описание проекта на русском языке, на мой взгляд, лучше всего озаглавить "Краткое описание проекта". Иначе это выглядит, как осёдланная корова. Или рождает каламбур "меряться, у кого питч диннее"  Хотите не по нашему - Project summary тогда уж.

На странице по ссылке была реклама, поэтому она пропала.

[kaatenoochek123]

Всем привет! Хочу немного реанимировать тему.

 

Михаил, а что вы думаете о хромато масс спектрометрическом анализе по Осипову? Говорят, что там до 50 бактерий анализируют.не пойму только показывают ли чувствительность к бактериофагам.

 

заранее благодарю. 

У меня после родов проявился ПА, причём, что кожа PASI 1,5 почти всю жизнь. Я пытаюсь разобраться и попытаться как-то купировать этот процесс.

 

прочитала ваш опыт с бактериофагом. Заинтересовало. Пока вот увлеклась отваром овса:)